Jim Hawkins a retrouvé le trésor du capitaine Flint sur l'île de la Tortue, dans la mer des Caraïbes. Il fait alors construire une goélette, le Mathilda, qui reçoit rapidement sa lettre de marque du roi et doit mettre à la voile pour la guerre de course, au large des côtes de Bretagne. Au fil de ses aventures, le héros va découvrir l'injustice et notamment les ravages de l'esclavage.