Sonic X, cette organisation ultrasecrète rassemblant la plupart des ennemis du hérisson bleu, a décidé de l'exterminer définitivement. À l'aide d'un sérum mis au point par le Dr Narasu, ils comptent bien révéler le « monstre » qu'est soi-disant Sonic. Mais il est bon et généreux. Réussira-t-il à déjouer le piège qu'on lui a tendu ?