Après la mort du général, le CWA doit affronter une situation de crise. La force et la vitesse de leur adversaire leur permettent de conclure qu'elle n'est pas humaine. La légende des Facsimilés, ces automates à formes humaines, refait son apparition. Même si tout le monde n'est pas convaincu au sein du CWA, Machina se lance à la poursuite de ce nouvel ennemi.