Alors que l'humanité s'est unie pour combattre les ennemis venus de la galaxie, d'étranges phénomènes se produisent au fond de l'océan Atlantique. Une équipe composée de scientifiques et de militaires va plonger dans les fonds marins pour tenter, une fois encore, de sauver le monde. Episode intermédiaire entre le premier film sorti en salle il y a vingt ans et le second film.