Le philosophe analyse le phénomène de l'athéisme comme relevant de la croyance au même titre que la foi. Il défend l'idée d'un athéisme ouvert à la spiritualité, définie comme la prise en compte de tous les possibles de l'esprit. L'athéisme est donc vécu comme une position philosophique et non un commandement moral, dont Comte-Sponville ne s'autorise pas à tirer des arrêtés idéologiques.