Alors qu'éclate l'insurrection des indigènes noirs, Descourtilz est réquisitionné comme médecin dans l'armée rebelle du célèbre Toussaint- Louverture.

Il est chargé de rassembler tous les colons blancs du Cap, réfugiés dans les collines. Toussaint-Louverture les enverra de l'autre côté de la rivière de l'Artibonite, là ou ils devaient être libérés. Finalement ils furent tous poursuivis et massacrés.

Descourtilz témoigne de la sauvagerie des combats et dresse un portrait politique et botanique du premier état indépendant édifié par d'anciens esclaves.