L'exploitation industrielle des microorganismes constitue l'industrie des fermentations. Les produits de fermentation comprennent en plus de la biomasse microbienne et des spores, les métabolites primaires, les métabolites secondaires et les enzymes. Parmi les métabolites primaires on cite : acides organiques, acides aminés, vitamines et pigments alimentaires, polysaccharides, alcools, lipides...