Ecrite en 1689, à une époque où les persécutions réciproques entre chrétiens comme l'intolérance à l'égard des autres religions faisaient encore partie des attitudes admises par l'opinion, la Lettre sur l'intolérance met en place une séparation qui a prouvé son efficacité dans la protection des libertés individuelles, celle entre les domaines public et privé de l'existence.