Et si ce Pape était le dernier ? Trois grandes prophéties annoncent sa fin et avec elle celle de l'église catholique. Saint Malachie l'a prédit au XII^e siècle, le Pape Pie X en a eu la vision en 1909, et la vierge de Fátima l'a annonce aux trois jeunes bergers portugais en 1917.

Alors que Tomás Noronha travaille dans la nécropole du Vatican à la recherche des ossements de saint Pierre, le pape le fait appeler dans ses appartements privés qu'il n'occupe plus que pour ses rendez-vous en journée. Il a besoin de son aide pour enquêter sur un vol commis au sein même de la Caté du Vatican.

Vingt-cinq ans après l'opération « Mains propres » qui a ébranlé la curie et les fidèles, de nouveaux documents explosifs ont disparu qui pourraient remettre en cause l'intégrité de l'Église. Historien et cryptanalyste, Tomás ne comprend d'abord pas très bien pourquoi on fait appel à lui. Il commence cependant à faire des découvertes très surprenantes, qui mettent en cause de grandes figures de l'Histoire du XX^e siècle.