Phiphy, après son vol raté à bord d'une machine rudimentaire, se remet peu à peu de son accident. Des cauchemars la hantent, mais la jeune fille est bien résolue à tenter de nouveau l'expérience. Kaï, de son côté, aperçoit une fois de plus Marie, l'étrange déesse automate, dans le ciel. Et le voici entraîné dans une autre réalité - mais est-ce bien la réalité? -, entièrement mécanique, sur laquelle semble régner Marie. Kaï va-t-il pouvoir affronter le secret de son existence? Ce second et dernier tome de La Musique de Marie donne la clé de l'histoire de Kaï, en une surprenante conclusion.