La suite de cette monumentale correspondance, reflet des luttes et des enjeux idéologiques et religieux de l'époque : 1582 est l'année de la guerre des Raconis et Bèze sollicite les Eglises de France, qui envoient des troupes, tandis que les Suisses s'interposent, à la suggestion du roi de France, entre la Savoie et Genève alliée de Berne.