En 2000, un astéroïde frappa la Terre, provoquant un cataclysme sans précédent. Les humains qui y survécurent construisirent une nouvelle ville, Tokyo 3. Ils pouvaient enfin vivre en paix mais des créatures appelées Anges apparurent et semèrent terreur et destruction. La NERV mit au point des robots de combat appelés Evangelion.