Un soir, Yakumo, jeune habitant de Tokyo, rencontre Paï. Elle est porteuse d'un message du père de Yakumo, disparu il y a plusieurs années au Tibet. Dans ce courrier, Yakumo apprend que Paï est la dernière survivante d'une race mystérieuse dotée de pouvoirs surnaturels, et qu'il doit l'aider à se transformer en être humain. Commence alors pour eux une aventure à travers le monde.