L'équipage du Black lagoon écume les mers de l'Asie du Sud-Est avec à son bord, Rokurô Okajima, modeste salarié de l'entreprise Asahi, embarqué de force sur ce navire, parce qu'il transporte une disquette contenant des données importantes convoitées par la mafia russe. Rokurô va se laisser séduire par la vie trépidante de cet équipage et va décider de le suivre vers de nouvelles aventures.