Kim est accusé d'avoir commis un attentat meurtrier, et la guerre semble inéluctable entre la Couronne britannique et le tsar de Russie. Ces évènements réjouissent le capitaine Némo. A bord du Nautilus, il s'attaque à la flotte anglaise. Jaya a pour mission de l'arrêter, et Kim veut empêcher un conflit sanglant. Ils s'allient et détournent le sous-marin russe du général Ostrov afin d'attirer Némo.