Le Yamato se lance dans un nouveau voyage destiné à tester le nouvel équipage dirigé par le capitaine Kodai Susumu. Ce dernier se lie d'amitié avec Desler, qui décide de conquérir une nouvelle planète. Ils rencontrent l'Empire de la Constellation noire, de plus en plus menaçant. Desler et Kodai décident de se lancer dans la bataille pour protéger Iscandar.