Tandis qu'un mystérieux objet céleste s'approche toujours de la Terre, Ultimum cherche à anéantir le Phare de la Résistance, qui sert de base aux forces restantes de l'IOSS. En effet, malgré son attaque nucléaire d'envergure, il n'est pas parvenu à raser cette île artificielle bâtie sur une relique submergée des Anciens. En absorbant l'énergie de l'explosion, ses adversaires ont même réussi à faire redémarrer les moteurs de ce vaisseau ancestral, qui a alors pris son envol, Enragé par son échec, Ultimum tente une nouvelle approche : il crée une marionnette polymorphe basée sur le code génétique de Shinobu. Cette créature aura pour mission d'infiltrer le Phare pour le détruire de l'intérieur...