Alors que le coeur des Etats-Unis subit une invasion de grenouilles démoniaques, Abe Sapiens et Liz Sherman, hantés par leurs propres démons, tentent de pallier l'absence du leader naturel du BPRD, Hellboy. Dans l'ombre, la Flamme noire et une nouvelle génération de fanatiques nazis préparent le réveil d'anciens dieux.