Comme son nom l'indique, J.-J. Bonhomme est bon, avisé, mais aussi travailleur et modeste, ce qui probablement l'aide à être reconnu comme l'équivalent d'un docteur agrégé et lui permet de travailler à la fois à l'Hôpital et à la Faculté malgré les conflits d'intérêts entre médecins diplômés et « simples » chirurgiens...

Si son Traité d'Ostéologie n'est pas nouveau, son long et savant Traité de Céphalotomie a eu un retentissement certain dans les milieux scientifiques de l'époque, et contribué à l'avancée de la connaissance sur le cerveau, pourtant jugée peu nécessaire jusqu'au XIX^e siècle.