L'année 1588 est celle du triomphe de la Ligue : les ligueurs réussissent à chasser le roi de Paris et de plusieurs autres villes. Dans cette atmosphère où Genève souffre du blocus imposé par le duc de Savoie, la nouvelle de la mort des Guises et le désastre de l'invincible Armada, arrive. Cette année fut aussi pour T. de Bèze l'année de son veuvage et de son remariage.