Le frère de Pegasus, Tema, cherche à venger son frère et prend le contrôle de la société Kaiba Corporation. Comme il a pour dessein un mystérieux projet R, il fait enlever Anzu au grand dam de ses amis. Yûgi, Jono-Uchi et Honda s'embarquent donc dans une série de duels pour sauver leur amie d'un sort funeste.