Alex, le lion est la star du zoo de New York. Il a toujours vécu en captivité, tout comme ses amis Marty le zèbre, Melma la girafe et Gloria l'hippopotame. Après de multiples péripéties provoquées par quatre pingouins beaucoup moins mignons qu'il n'y paraissent, tout ce beau monde se retrouve à Madagascar. Et là, tous les natifs de New York doivent apprendre à survivre dans la jungle.