En 2451, surexploitée, la Terre a explosé et s'est fragmentée en millions d'îlots dérivant dans le ciel : Skyland. Dans cet univers où l'eau est devenue rare, une terrible dictature, la Sphère, emprisonne ceux qui revendiquent leur liberté. Parmi eux, Mila, enlevée pour avoir résisté à l'oppression. Ses deux enfants, Mahad et Léna, partent à sa recherche.