Atteint de vieillissement accéléré, Shion n'a plus beaucoup de temps pour percer les secrets de la cité n° 6. En compagnie de Nazumi, il suit la piste des abeilles tueuses afin de comprendre comment les autorités procèdent pour éliminer les éléments les moins performants dès leur conception. Shion découvre la communauté des survivants d'Elyurias.