Au milieu du XIX^e siècle, le Japon traverse une période de grands troubles. Emportée par l'épidémie de choléra qui ravage le pays, une mère laisse ses deux jeunes garçons orphelins. Shotaro 14 ans, et Gentaro , 10 ans, décident de devenir samouraïs comme leur défunt père et se mettent en quête d'un maître pour apprendre à manier le sabre.

Ils devront affronter de multiples dangers pour rester en vie...