1899, Bombay. Kimball O'Hara, un agent secret britannique en pleine filature, est accusé de l'explosion mortelle d'une bombe sur un paquebot. Pour prouver son innocence, il doit récupérer des documents confidentiels restés dans l'épave du navire, au fond de la mer. Fuyant les autorités indiennes, il se lance à la recherche du capitaine Nemo et de son célèbre sous-marin, le Nautilus.