Publié pour la première fois en 1696-97, il trouve son apogée avec la cinquième édition de 1740, contenant les remarques de nombreux commentateurs, dont celles de Leclerc. La prodigieuse érudition de Bayle lui permet de passer en revue tous les problèmes de morale, de théorie et d'exégèse ; de canaliser toute la libre pensée des siècles précédents.