Deux ans après l'accident nucléaire de Fukushima, les orphelins Akiko et Otani vivent avec leur grand-mère Obasan dans un camp de réfugiés. Lorsque cette dernière meurt, un oncle éloigné vient les chercher pour les ramener à Tokyo. Otani convainc sa soeur de fuguer pour déposer les cendres de leur grand-mère au pied de l'autel familial situé à Tomioka, en plein coeur de la zone interdite.