Une lettre, cachetée du sceau de la rose, mène Utena jusqu'à l'école Ohtori. Là, elle découvre que le conseil des élèves est entièrement soumis aux "lois de la rose". Lors d'un bal, Utena est sauvagement agressée par Saionji et elle ne doit son salut qu'à l'intervention inopinée de Tôga. Petit à petit, elle se demande si son sauveur ne serait pas aussi son "Prince". Utena va alors tenter de percer ce mystérieux secret qui pourrait changer sa vie.