Le sort a réuni dans un même endroit Naoto, Magato, Freuling et Heine . Freuling est en réalité « l'autre Naoto » ! De son côté, Naoto, apprenant la vérité sur le massacre qui hante toujours sa mémoire, est profondément choquée... et sa réaction est fulgurante.

Neuhauten , le directeur du bureau administratif central des affaires générales, a ordonné que les lignes ferroviaires soient coupées et a ainsi isolé la ville souterraine. Lorsqu' Einstellsehn , la directrice du centre expérimental souterrain, réalise ce qu'il a fait, elle décide d'agir à son tour.