Suite à une guerre qui a ravagé le Japon, le jeune Shôichi, ses deux soeurs et d'autres enfants doivent fuir leur terre natale en bateau. Lors de ce périple, ils sont attaqués par d'étranges samouraïs prétendant venir du futur. Shizue, une jeune fille, se fait même aspirer le visage par une forme de vie inconnue. Les enfants seront secourus par l'équipage d'un étrange cuirassé, le Yumihari.