Durant des millénaires, les chevaliers Jedi ont fait régner l'ordre et la justice au sein de la galaxie. Depuis quelques mois, cependant, leur rôle n'est plus seulement d'assurer la stabilité de la République mais de défendre son existence même, face aux forces séparatistes qui menacent de la faire éclater.

De leur vaillance mais aussi de leur sens stratégique dépendra l'issue de cette guerre sans précédent: la Guerre des Clones.

Le général Obi-Wan Kenobi et son padawan, Anakin Skywalker, commandent un régiment de clones dans les bourbiers de la planète Jabüm, où se trouvent des ressources vitales pour les deux camps. Privés de renforts et d'approvisionnement à cause des orages incessants, ils deviennent des proies faciles pour l'ennemi... Mais la situation empire encore quand Obi-Wan disparaît, laissant Anakin seul à la tête de jeunes Jedi inexpérimentés.