Violent et révolté, le jeune James vit en Angleterre avec sa mère, dépressive et délinquante. Lorsque celle-ci décède d'un excès de barbituriques, James est placé dans un orphelinat avant d'être recruté par la très secrète agence gouvernementale de renseignements Cherub. Pour sa première mission, il est chargé d'infiltrer une secte de hippies préparant un attentat.