En vue d'entraver les recherches que mènent Gendo et Yui, une organisation confie une mission secrète à Kaoru Nagisa. Celui-ci accoste Shinji et les deux garçons deviennent de plus en plus intimes.

Alarmées par leur relation plus qu'amicale, Asuka et Rei collaborent et mettent au point une stratégie... L'apparition de Kaoru rend la compétition autour de Shinji plus impitoyable que jamais !