Ses ouvrages de réflexion philosophique remettent en question nombre d'idées reçues. Inlassablement, Jean Hamburger y développe avec force les thèmes essentiels auxquels il demeure très attaché : les limites de la connaissance scientifique, la révolte de l'homme contre l'injustice biologique, sa puissance et sa fragilité, ses aberrations anthropomorphes sur la signification de son destin, ses belles imprudences, la route étroite à trouver pour nos sociétés entre l'inacceptable et le périlleux mais, au-delà des refus et des risques, une somptueuse aventure humaine à redécouvrir.