Le Registre de 1539 aborde des domaines aussi variés que l'économie, la religion, la justice, la politique et les institutions. Cette année-là est marquée par trois difficultés majeures auxquelles doivent faire face les autorités : l'affaire de Marin de Montchenu, l'annexion du mandement de Thiez par François Ier et la tentative par Berne d'imposer un nouveau traité à Genève.