Après la mort de Charles de Sandras et l'arrestation de d'Artagnan, c'est le célèbre Porthos qui vient diriger l'école. Avec sa bénédiction, Eva, Jules, Albane, Alexandre et leurs amis se lancent à la recherche du faussaire qui a imité récriture de d'Artagnan, aujourd'hui accusé et emprisonné à tort. Étrangement, en remontant la piste, les élèves ne cessent de rencontrer le même symbole obsédant : une tulipe noire... Quel complot venu du passé est à l'oeuvre ? Les apprentis mousquetaires vont devoir rester plus unis que jamais, s'ils veulent survivre à cette enquête...