Après avoir fait un pacte avec une mystérieuse jeune fille appelée C.C., Lelouch a obtenu le pouvoir du Geass. Grâce à ce dernier, il a entamé ses projets de vengeance contre Britannia sous l'identité et le masque énigmatique de « Zero ». Sauver ses compagnons et critiquer la société corrompue, telles sont les tâches que Zero doit accomplir au sein de l'« AREA 11 ».

Heureusement, il obtient le soutien de la population locale. Mais son ami d'enfance, Suzaku, désapprouve ses méthodes au plus haut point et risque de devenir son ennemi le plus farouche...