La vie de Tom Riley, 14 ans, bascule lorsque ses parents disparaissent. Son oncle lui apprend qu'ils travaillaient comme traqueurs pour l'Agence, une organisation secrète en charge de protéger les mystérieuses créatures qui peuplent le monde. Tom rejoint l'Agence en tant qu'apprenti et mène une enquête en parallèle pour retrouver la trace de ses parents.