A Kyoto, Tsuyu, étudiant en première année, perd sa petite amie, Mizore, dans un accident de la route. Il trouve une lettre de la défunte lui demandant de ne pas incinérer son corps mais de le veiller jusqu'à ce qu'un miracle se produise. Désespéré, il accède à sa requête et un phénomène inimaginable se produit.