Kikujiro est un "petit garçon" de plus de 300 ans, qui vit seul au Japon en menant une double-vie : écolier le jour, hackeur la nuit afin de payer ses factures. Son quotidien tranquille est bouleversé lorsqu'il fait la connaissance forcée de son nouveau colocataire : Keiji, un mangaka quadragénaire raté, célibataire et maladroit, Kiki et Sora, 2 sœurs au grand cœur mais aussi pleines de secrets.