L'agent Spirou est un modeste employé du service de surveillance biogénétique de l'Administration. Mais au lieu de suivre la tradition familiale, il n'aspire qu'à une chose : partir sur le terrain et devenir un furtif . En secret, il enquête activement sur la Fondation Z, une institution toute-puissante protégée par l'Administration.

L'intervention intempestive de sa soeur Seccotine, entrée dans la rébellion et la clandestinité, va le forcer à agir plus vite que prévu. Alors qu'ils sont menacés par des robots-tueurs, un mystérieux agent surgit et leur sauve la vie. Il s'appelle Fantasio et va les aider à lever le voile sur le Z !