Quatre animaux du zoo de Central Park qui ont passé leur vie en captivité échouent sur l'île exotique de Madagascar pour secourir l'un des leurs. Ces New-Yorkais de naissance se frottent alors à ce que signifie vraiment la vie sauvage. Alex le lion, Marty le zèbre (en pleine crise d'identité), Melman la girafe (hypocondriaque névrosée) et Gloria l'hippopotame s'embarquent pour une folle cavale.