Shirô et perdu Saber lors de leur combat dans le temple de Ryûdô. Désormais seul, il va demander à Rin Tohsaka de s'allier à lui pour combattre la mystérieuse « ombre » qui continue à sévir dans la ville.

Le jeune homme ne dispose plus de ses privilèges de maître, mais Rin accepte su proposition, cependant sous certaines conditions très particulières...