Après le crash de l'Arche 2, vaisseau qui devait permettre à tous les Transformers de regagner Cybertron, leur monde d'origine, chacun pensait que la violence de l'explosion avait anéanti les robots. Pourtant, trois ans plus tard, des groupes extrémistes découvrent le lieu du crash. Ils tentent alors de remettre en état certains des robots afin de les utiliser comme armes de guerre. Les machines vont les laisser faire, jusqu'à ce qu'elles puissent à nouveau être indépendantes et conquérir la Terre, commandées par Mégatron. Seul Optimus Prime, un autre Transformer, pourrait alors stopper cette invicible armée. Encore faudrait-il la trouver...