Quelle est donc cette créature qui sème la terreur dans la baie de Tokyo ?

Alors que le capitaine Gotô mène l'enquête auprès des grands scientifiques de la métropole, les membres de la Patlabor sont engagés dans une véritable chasse au monstre.

Pourront-ils cependant arriver à attraper une créature capable de se mouvoir dans l'eau alors que leurs labors n'ont pas été conçus pour un tel milieu ?

Les vaillants policiers ne sont pas au bout de leurs peines, d'autant plus que la créature va recevoir l'aide d'une alliée humaine...