Alors qu'il vient à peine de retrouver Taé, Keï Kurono est à nouveau téléporté au coeur de la base ennemie avec pour mission de la détruire.

L'équipe des Gantzers de Tokyo lutte avec acharnement pour sauver l'espèce humaine.

Chacun s'apprête à vivre le combat final à sa manière au travers d'un véritable tourbillon de sentiments : la vengeance pour Hiroto Sakurai, la solitude pour Taé, l'ambition pour Nishi et la détermination pour Keï...