L'influence de Fernel sur la médecine du XVIe siècle fut très forte. Il offre ici à la fois une philosophie naturelle et une psychologie, par les questions qu'il pose sur la nature, la vie, l'unité du corps, la fonction de l'âme et la substance des éléments. Son ouvrage est plus philosophique que médical, et l'on peut dire qu'il a fourni à la médecine du XVIe siècle une cohérence théorique.