En 1544, le conflit entre Genève et Berne au sujet des terres de Saint-Victor et de Chapitre trouve une résolution avec le Second Départ de Bâle. En revanche, les démarches avec la France pour récupérer le mandement de Thiez se soldent par un échec définitif. La conjoncture difficile se poursuit, obligeant les autorités à ravitailler la ville en céréales et à expulser les étrangers indigents.