1640. En pleine jungle de Bornéo, Aldaïr Mac Allister, jeune architecte anglais, et Bart Kingsley, pirate, créent Libertalia, une cité utopique où les hommes et les femmes vivent libres et égaux. Mais ils sont pris en chasse par Jan De Vries qui est à la tête de la flotte de la Compagnie néerlandaise des Indes occidentales et veut se venger de Bart.